水利工程实验教学中心于2003年成立，2005年被评为江苏省首批省级实验教学示范中心建设点，2009年被教育部遴选为国家级水利工程实验教学示范中心建设单位，2012年通过教育部验收，并授予国家级实验教学示范中心称号。

实验中心包括工程概念训练室、专业基础实验室、专业实验室和实践基地，其中实验室有15个、实践基地20多个。实验室用房面积约6260m²，主要分布在西康路校区的工程馆、水电馆、港建楼、科学馆和管理馆，以及江宁校区的厚学楼、行政楼等。实验中心面向全校水利、土木类等学科10个本科专业开设了20多门实验课程。构建了覆盖水利工程及相关学科的创新竞赛平台，将校内开展的一些学科竞赛拓展为“江苏省大学生水创意设计大赛”和“全国大学生水利创新设计大赛”等展现创新成果的平台。有专职人员78人，兼职32人；仪器设备2940多台套，总值7400多万元。

实验中心通过持续改革与建设，取得了一系列的成果。近几年获得国家级各类奖项20多项，省级以上教学成果奖励30多项，自制仪器设备25套，开发虚拟仿真实验项目18种，被推广应用于20余所高校，在全国同类专业高校的实验教学改革中起到了很好的示范辐射作用。